Fragmentando o DNA de Ferramentas de Alinhamento Progressivo: uma Metaferramenta Eficiente - João Jr., Mario; Sena, Alexandre C.; Rebello, Vinod E. F. (Anais do Simpósio em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho (SSCAD); 2023: Anais do XXIV Simpósio em Sistemas Computacionais de Alto DesempenhoDO - 10.5753/wscad.2023.235781, 2023)
O Alinhamento Múltiplo de Sequências genéticas é essencial para a área de bioinformática. Devido à sua complexidade exponencial, heurísticas são utilizadas. A mais popular é o Alinhamento Progressivo, com inúmeras ferramentas desenvolvidas ao longo dos anos. Entretanto, nenhuma consegue gerar sempre o melhor alinhamento, nem se sobressair. Assim, os cientistas são obrigados a escolher e utilizar mais de uma ferramenta. Ao invés de desenvolver uma nova heurística, este trabalho apresenta uma metaferramenta que avalia novas combinações de técnicas extraídas de outras ferramentas e coordena suas execuções eficientemente. A abordagem é capaz de alcançar speedups superlineares, mantendo, e por vezes melhorando, a qualidade dos alinhamentos.