Avaliação de Desempenho de um Workﬂow Cientíﬁco para Experimentos de RNA-Seq no Supercomputador Santos Dumont - Cruz, Lucas; Coelho, Micaella; Gadelha, Luiz; Ocaña, Kary; Osthoff, Carla (Anais Estendidos do Simpósio em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho (SSCAD); 2020: Anais Estendidos do XXI Simpósio em Sistemas Computacionais de Alto DesempenhoDO - 10.5753/wscad_estendido.2020.14093, 2020)
Experimentos cientíﬁcos em larga escala são considerados complexos devido à modelagem de suas atividades, execução e análises de grandes volumes de dados. Na bioinformática esses experimentos são modelados como workﬂows cientíﬁcos utilizando conceitos de computação de alto desempenho e ciência de dados. Neste artigo apresentamos o workﬂow ParslRNA-Seq para experimentos de RNA-Seq e análises de desempenho das execuções realizadas no supercomputador Santos Dumont usando dados reais. Os resultados mostram uma melhora no desempenho, quando comparado às execuções realizadas da forma tradicional sem paralelização e via Web, de 3 dias para 11 horas, com reproducibilidade de resultados de dados biológicos sensíveis. A execução multithreading do workﬂow indica também que a parametrização é dependente do Parsl e da atividade bowtie.