Análise de Desempenho do BEAST 1.10 em ambientes de HPC: Explorando CPU, GPU, Multi-GPU - Freire, Guilherme; Coelho, Micaella; Osthoff, Carla; Ocaña, Kary (Anais Estendidos do Simpósio em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho (SSCAD); 2024: Anais Estendidos do XXV Simpósio em Sistemas Computacionais de Alto DesempenhoDO - 10.5753/sscad_estendido.2024.244367, 2024)
Este trabalho apresenta um estudo de desempenho da aplicação de inferência bayesiana BEAST 1.10, acoplada à biblioteca de alto desempenho BEAGLE 3, em execuções realizadas nos nós do supercomputador Santos Dumont. Nos experimentos de filogenia, utilizamos dados genômicos do vírus da Dengue, sorotipo DENV-1, em formato XML. Analisamos a variabilidade do tamanho dos genomas, o chainLength e modelos evolutivos do BEAST 1.10, o número de threads e o ambiente computacional (CPU e GPU) do SDumont. Os resultados do estudo do desempenho do BEAST no BioInfo-Portal, possibilitam uma utilização mais eficiente dos recursos computacionais do SDumont, segundo os parâmetros alocados na submissão dos jobs.